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商品详情
商品亮点
- 鲲鹏兼容：在鲲鹏云服务器正常运行
- 保持原生：基于社区开源组件的官方源码编译安装
- 版本自由：采用稳定的Racon版本
商品说明
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版本:
V1.0
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交付方式:
镜像
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适用于:
Linux
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上架日期:
2020-04-23
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Racon是一款在Github上发布的C++开源软件，用于对一些不产生consensus的快速组装软件组装得到的原始contig序列的纠错，生成基因组一致性序列，同时支持Pacbio和Oxford Nanopore测序数据。
Racon共计12个release版本，最新版本为1.3.2，可通过git clone master分支代码下载。编译racon软件需要的依赖gcc 4.8+和cmake 3.2+。racon软件使用了SSE指令及spoa组件，代码里使用了x86的avx256指令，ARM架构服务器不支持SSE指令，需要用ARM的neon头文件进行neon矢量化指令进行替换，但经测算，替换指令后软件性能降低非常大，因此ARM上编译时，需要进行优化。
Racon旨在作为独立的共识模块，以纠正不包括共识步骤的快速组装方法生成的原始重叠群。Racon的目标是与使用错误校正和共识步骤的组装方法生成的输出相比，生成质量相似或更好的基因组共识，同时提供比那些方法快几倍的速度。它支持Pacific Biosciences和Oxford Nanopore Technologies产生的数据。
Racon可以与Illumina数据或第三代测序产生的数据组装后用作抛光工具。自动检测输入的数据类型。
Racon仅将三个文件作为输入：FASTA / FASTQ格式的重叠群，FASTA / FASTQ格式的读取以及MHAP / PAF / SAM格式的读取和重叠群之间的重叠/对齐。输出是打印到标准输出的一组FASTA格式的抛光重叠群。可以使用gzip压缩所有输入文件（这将影响解析时间）。
Racon也可以用作读取错误校正工具。在这种情况下，MHAP / PAF / SAM文件需要包含读取之间的成对重叠，包括双重重叠。
一个包装脚本也可以使更容易使用到最终用户的大型数据集。它具有与racon相同的界面，但从外部添加了两个附加功能。序列可以被二次采样，以减少总的执行时间（准确度可能较低），而目标序列可以是分割成更小的块，并顺序地运行，以减少内存消耗。这两个功能也可以同时运行
语言：C/C++
一句话描述：三代基因测序纠错软件
开源协议：MIT
建议的版本：建议通过git下载最新版本。
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华东-上海一
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